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扁桃腺，又稱扁桃體，是人和两栖类以上动物，鼻后孔的顶壁或咽与口腔、鼻腔交界处粘膜下淋巴组织所集成的团块的通称，因為外形像扁桃一樣而得名。
一般所說的扁桃腺是指肉眼可見的顎扁桃体（palatine tonsils），位于咽峡的侧壁，舌腭弓和咽腭弓之间，呈扁卵圆形，表面盖着粘膜上皮，底面包着纤维被膜，与咽壁的肌层联系很鬆，容易分离；另外还有咽扁桃体和舌扁桃体。
與其他的腺體組織一樣，扁桃腺是人體的免疫系統的一部分，主要的作用是幫助身體對抗感染。扁桃腺炎是由於扁桃腺受到感染，一般都發生於咽喉及上呼吸道受到細菌感染而失守。
參見
免疫系统 / 免疫学
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| | 系统 | - 後天免疫系統
- 先天免疫系统
- 体液
- 细胞
补体（反應過度則引起過敏）
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| | 抗原与抗体 | 抗原（超抗原、变应原） · 半抗原 表位（线性、构象）
抗体（單株抗体、多株抗体、自身抗体） · 多株 B 细胞反应 · 同种异型 · 同种型 · 遗传型
免疫复合物 |
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| | | 免疫遗传学 | - 体细胞超突变
- V(D)J 重组
- 免疫球蛋白类型转换
主要组织相容性复合体/人类白细胞抗原
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| | 免疫物质 | |
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免疫系统：淋巴系统（淋巴、淋巴细胞、淋巴管）（TA A13.1-2、GA 8）
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| | 首要级（中枢） |
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| | 次要级（周边） |
脾
(处理血液)
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扁桃腺/瓦爾代爾氏扁桃體環
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淋巴结
(处理细胞外液)
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B细胞: 初级滤泡/发生中心 · 套区 · 边缘区
分层: 被膜/小梁
被膜下窦*皮质
- 副皮质
髓质 (髓索)
- 门
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粘膜相关淋巴组织
(处理粘液)
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