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二章（相当于动画第2话前半段）：在长船的真庭校长向相乐校长提出建立赤羽刀调查队后，被相乐校长秘密叫来，从原本的讨伐队队长职务撤下来加入调查队并给了她一个秘密任务，即寻访、带回铭刀“南无药师景光”。

三章（相当于动画2话前段和中段之间）：在调查队的五校成员中最晚登场，在镰府校长因没能刁难住调查队而在一怒之下秘密下令释放囚禁中的大型荒魂、调查队已到的四人陷入苦战时，乘坐直升机从空中指挥绫小路空降兵学院解了围。

四章（相当于动画2话中后段）：由于米莉亚的一锤定音调查队在东京的原宿准备乡下孩子进城顺便在刀拵职人“青砥馆”处打探消息，突然与小股荒魂遭遇。战斗期间，七之里呼吹因为被破坏欲左右不听指挥，几乎导致战线崩溃，米莉亚不得不孤身去把呼吹拉回来，导致后方三人阵线几乎崩溃，幸亏柳濑舞衣因为机缘巧合捉奸前来助阵才逃过一劫。战后，调查队抵达青砥馆。

五章（相当于动画4话，与动画发生了重大分歧）：次日，米莉亚向青砥馆工匠青砥阳司打听有关南无药师景光的情报，但一无所获。再次日，众人从青砥馆处得到消息误导称赤羽刀的来源是在伊豆半岛，因此前往。在火车上遇到了长船舞草的御前比赛二人组艾莲和薰，随后遭到大批荒魂袭击。米莉亚疑惑调查队遇上荒魂的频率过高，只能暂且猜测此次是因为“荒魂之间彼此会相互吸引”而被宁宁吸引来的，但美炎却觉得这个荒魂袭击频率对自己来说很正常。战后调查队与长船参赛组分开，在伊豆山区与皋月夜见制造的兽形荒魂遭遇，混战之后被狮童真希和此花寿寿花强征来围捕可姬二人，但并未告知其之前交战的兽形荒魂是夜见役使。

六章（相当于动画5话，与动画的分歧更加明显）：调查队还在因为亲卫队的态度而又惊又怒，但也不得不遵命协助搜山。美炎误打误撞发现了单独躲藏中的可姬二人，本打算秘密放二人离开，却因为夜见的兽形荒魂袭击而暴露。美炎因为此前真希说走嘴声称要杀死可姬二人而拒绝交出二人，并说服了调查队的多数成员，更是在呼吹突然主动爆出山里的荒魂是夜见孕育的事实之下得到了全员同意，以消灭荒魂为借口放走了可姬二人。因为调查队无论前述事实被揭露前后都未停止消灭荒魂，而被亲卫队抓了现行。米莉亚因为对之前的御前试合中败给狮童真希一事耿耿于怀故而向后者挑战，被击败。在亲卫队意欲将调查队团灭之时，绫小路校长介入阻止了亲卫队，原来米莉亚从与亲卫队发生争执开始就通过电话把双方的对话和交战全都打给了相乐校长。双方撤退。

七章（时间约在动画6话结束到7话开始前）：调查队在镰府休整期间，美炎、清香、呼吹的初中组遇见了前来挑战清香的燕结芽，由于调查队与亲卫队刚刚冲突不久，双方毫无信任，很快产生了冲突。在播筑实和年上组不明觉厉的回护下，一场混战后，燕结芽失望离去。

八章：调查队在长船舞草的新情报指引下前往东京的赤羽，即赤羽刀最初的存放处寻找相关线索，并发现了被大量荒魂保护中的镰府废弃研究所。

九章：在冲破荒魂的战线之后，调查队在废弃研究所内发现了被镰府称为骏河的人形荒魂，后者坦承自己就是放出赤羽刀的黑手，并怒骂镰府和折神家是造就自己的凶手，但米莉亚目的明确不为所动。在米莉亚使用能力“鉴刀眼”识破其真身（本体是赤羽刀的骨架聚集起矿渣，核心是脊椎骨的“南无药师如来景光”仿品）后，众人牵制之，美炎使用包括智惠在内的四人都没见过的奥义“神居”将骏河消灭。骏河在消散之前称自己终于发现，美炎是和自己同质的存在，但没能撑到向美炎仔细解释就死亡。由于构成骏河骨架的赤羽刀之中正包括了米莉亚奉校长之命寻找的“南无药师如来景光”的仿品，米莉亚的如来景光猎人身份和智惠的舞草间谍身份双双暴露，就在双方即将开战之前，美炎强行插进去阻止二人开战。僵持之际相乐结月赶到，与舞草达成和解，调查队暂时恢复平衡。为了避免舞草的不信任，相乐结月把南无如来景光交给就在舞草成员智惠身边的米莉亚研磨。