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剧情开始前，在校内预选赛的准决赛与可奈美交战，曾经短暂与可奈美势均力敌，但在“集中力消散”之后立即落败。

序章（相当于动画第1话校内预选赛结束时）：做梦梦到未来的赤羽刀调查组（即手游主线组）跟随折神紫参与讨伐大荒魂，该大荒魂的名字（包括折神紫的台词文字和语音）被用杂音涂掉了。后陪同现学籍在长船女学园的青梅竹马濑户内智惠参观美浓关学院介绍游戏系统并首次提及了赤羽刀。其后和长江双叶、福田佐和乃等人（只显示了两人，并不包括须原里香，且均与动画中的另三人明显不同）前去送别可奈美和柳濑舞衣，并跟可奈美立下了“御前大赛取得冠军之后再战”的约定

一章（相当于动画第1话后半段）：比赛开始前，在镰仓市内遭遇了突然出现的小型荒魂，并与镰府的七之里呼吹、糸见沙耶香以及长船代表古波藏艾莲、益子薰进行了合作。会场内与智惠碰头，并目睹了姬和对折神紫失败的刺杀行动。

二章（相当于动画第2话前半段）发现可奈美加入战局掩护姬和逃跑后，因为冲动而拉着智惠殴打了包括藤卷美奈木在内的一批镰府讨伐队刀使出赛场去追问可奈美。可奈美并没有告知她自己选择协助姬和逃亡的原因，但也明说了确有尚且不能明言的理由。在放走两人后，美炎和智惠因为多次顶撞、甚至为了放走可奈美二人而故意跟镰府讨伐队冲突而被折神家亲卫队的狮童真希和此花寿寿花击倒囚禁。

三章（相当于动画2话前段和中段之间）：二人被拘捕的第二天便被校长以组建赤羽刀调查队的名义保释出来，在镰府校内等待绫小路代表期间与镰府校长产生冲突，后者因为没能刁难住调查队，一怒之下秘密下令释放囚禁中的大型荒魂，幸而在及时到达的绫小路代表木寅米莉亚的指挥下得以解围。

四章（相当于动画2话中后段）：调查队在东京的原宿准备乡下孩子进城顺便在刀拵职人“青砥馆”处打探消息，美炎和智惠在自由活动期间遇上了正在逃亡中顺便逛街的可奈美与姬和一行，但因害怕被其余三人发现而没有与二人见面。离开后突然发现了新的荒魂，在小队汇合对抗荒魂时得到了前来捉奸寻找可奈美踪迹的舞衣的帮助，这也是美炎和舞衣第一次正式见面。在把二人的行踪提供给舞衣（因此后者才能在动画第2话结尾处顺利追上可姬二人）后，调查队抵达青砥馆。

五章（相当于动画4话，与动画发生了重大分歧）：众人从青砥馆处得到消息误导称赤羽刀的来源是在伊豆半岛，因此前往。在火车上遇到了长船舞草的御前比赛二人组艾莲和薰，随后遭到大批荒魂袭击。米莉亚疑惑调查队遇上荒魂的频率过高，只能暂且猜测此次是因为“荒魂之间彼此会相互吸引”而被宁宁吸引来的，但美炎却觉得这个荒魂袭击频率对自己来说很正常。战后调查队与长船参赛组分开，在伊豆山区与皋月夜见制造的兽形荒魂遭遇，混战之后被狮童真希和此花寿寿花强征来围捕可姬二人，但并未告知其之前交战的兽形荒魂是夜见役使。

六章（相当于动画5话，与动画的分歧更加明显）：调查队还在因为亲卫队的态度而又惊又怒，但也不得不遵命协助搜山。美炎误打误撞发现了单独躲藏中的可姬二人，本打算秘密放二人离开，却因为夜见的兽形荒魂袭击而暴露。美炎因为此前真希说走嘴声称要杀死可姬二人而拒绝交出二人，并说服了调查队的多数成员，更是在呼吹突然主动爆出山里的荒魂是夜见孕育的事实之下得到了全员同意，以消灭荒魂为借口放走了可姬二人。因为调查队无论前述事实被揭露前后都未停止消灭荒魂，而被亲卫队抓了现行，在亲卫队意欲将调查队团灭之时，绫小路校长介入阻止了亲卫队，双方撤退。

七章（时间约在动画6话结束到7话开始前）：调查队在镰府休整期间，美炎、清香、呼吹的初中组遇见了前来挑战清香的燕结芽，由于调查队与亲卫队刚刚冲突不久，双方毫无信任，很快产生了冲突。在播筑实和年上组不明觉厉的回护下，一场混战后，燕结芽失望离去。

八章：调查队在长船舞草的新情报指引下前往东京的赤羽，即赤羽刀最初的存放处寻找相关线索，并发现了被大量荒魂保护中的镰府废弃研究所。美炎在战斗期间突然看到了自己幼时的景象，自己的母亲与祖父提及自己与金屋子神有着某种关联。

九章：在冲破荒魂的战线之后，调查队在废弃研究所内发现了被镰府称为骏河的人形荒魂，后者坦承自己就是放出赤羽刀的黑手。在米莉亚使用能力“鉴刀眼”识破其真身（本体是赤羽刀的骨架聚集起矿渣）后，众人牵制之，美炎使用包括智惠在内的四人都没见过的奥义“神居”将骏河消灭。骏河在消散之前称自己终于发现，美炎是和自己同质的存在，但没能撑到向美炎仔细解释就死亡。由于构成骏河骨架的赤羽刀之中正包括了米莉亚奉校长之命寻找的“南无药师如来景光”的仿品，米莉亚的如来景光猎人身份和智惠的舞草间谍身份双双暴露，就在双方即将开战之前，美炎强行插进去阻止二人开战。僵持之际相乐结月赶到，与舞草达成和解，调查队暂时恢复平衡。