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在大和失踪期间担任总旗舰兼东洋方面巡航第3舰队旗舰，大和回归海雾之后为东洋方面巡航第3舰队旗舰，在日向被击沉之后改任东洋方面巡航第2舰队旗舰。漫画第16话中，在和金刚的对话中出现，主动向失去了雾岛和榛名的金刚提出派遣翔鹤和瑞鹤支援金刚，但遭到金刚的拒绝，之后向金刚透露了有关千早翔像麾下的U2501出现在北冰洋的情况。

第22话中正式登场，在榛名与雾岛向金刚报告有关刑部莳绘（Design Child）的情报时插入双方通信，赞同雾岛将刑部莳绘带回海雾的计划，并与金刚进行了隐秘对话，并告知金刚自己打算借助这一计划打乱千早翔像的步调以求查明千早翔像的真实意图。

第26话中以单舰与U2501发生对峙，并将U2501逼出水面，之后以言辞试探U2501的舰长佐尔坦·史塔克以获得千早翔像的情报，最后放走了U2501。

根据与佐尔坦·史塔克的对话得出了千早翔像并未获得有关海军法典（Admiralty Code）的任何情报的结论。

第42话中，因为金刚带领特遣舰队脱离第1巡航舰队追击401，长门接管了剩余舰队的总指挥权以继续负责封锁任务，并派出爱宕随行作为不参加战斗的侦查舰观战。不过爱宕最后还是因为被401击沉的足柄的劝说而干预了战斗

第58话中，借助爱宕的观测得知了金刚的旗舰装备类型，并产生了揭露海军法典（Admiralty Code）秘密的想法。虽然对爱宕出手干预战斗的行为略有不满，但依然决定暂时不追究爱宕。

第63话中，因为金刚舰队损失较为惨重，金刚决定借助旗舰装备召唤伊势参战，并决定召回雾岛或榛名代替伊势率领巡航第1舰队的剩余主力部队，不过由于长门对雾岛及榛名在横须贺的调查很感兴趣，所以主动派出陆奥代替伊势指挥巡航第1舰队的剩余主力部队并劝说金刚不要召回雾岛及榛名。

第68话中主动联系爱宕称虽然金刚与401胜负未分，但爱宕的观测任务已经成功，因此命令爱宕脱离金刚率领的特遣舰队所在海域，同时对爱宕下达了秘密前往横须贺中央管区的命令。

第75话，迎接了日向重新成为第一巡航舰队的旗舰，说了只是遵照大和的意思而已。