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十年前『LOST事件』（别名『汉诺计划（Hanoi Project）』）中被某个组织诱拐的六个孩子之一，在被带到空无一物的封闭空间中后，被迫在决斗空间中与AI决斗，每日重复着只有吃饭睡觉和决斗这三件事的生活，不久后在那里的生活变成了一切由决斗来管理，不在决斗中获胜的话连饭都吃不上。

在这半年的监禁时间里，游作的身心都受到了极大的伤害，在游作的心即将崩溃的时候，谜之声音（鸿上了见）出现并鼓励游作去思考三件事（为了活下去的三件事、为了能回去的三件事、打倒敌人的三件事），给予了他活下去的希望。

在被解救出来后，由此留下了心理阴影，即使接受了数年的心理治疗也无法忘记，因此游作决定直面自己的命运进行复仇。

在某个事件（『LOST事件』）中失去了自己的过去的记忆，在调查的过程中发现『LOST事件』别名『汉诺计划』，所以认为『汉诺骑士（ハノイの騎士）』跟那起事件有关，对其抱有着复仇程度的强烈敌意。与有着同样目的的『Café Nagi』流动热狗店的老板——草薙翔一联合进行黑客活动。在VR空间『LINK VRAINS』中，以Playmaker为名与『汉诺骑士』对抗，其事迹在『LINK VRAINS』中流传。

在收到草薙的情报“『SOL科技公司（SOLテクノロジー社）』在寻找神秘AI程序，可能会展开大规模的扫描”后，游作推断出『汉诺骑士』也在寻找神秘AI程序，认为其可以作为对抗『汉诺骑士』的王牌，于是在网络上布下陷阱进行捕捉，并将其封在决斗盘中，变身进入『LINK VRAINS』，以神秘AI程序为赌注与汉诺骑士进行决斗。

因神秘AI程序认为Playmaker赢不了，便解放『电子宙数据素材（Cyverse Data Material）』产生『数据风暴（Data Storm）』，Playmaker进行了『高速决斗（Speed Duel）』，并通过神秘AI程序的引导下在『数据风暴（Data Storm）』中使用了自己的技能『风暴连线（Storm Access）』获得了【解码语者】击败了汉诺骑士。

在神秘AI程序处理掉准备与Playmaker同归于尽的汉诺骑士后，Playmaker拒绝了Go鬼冢和Blue Angel的决斗挑战并登出了『LINK VRAINS』，因与汉诺骑士的决斗被人从网络上目击，Playmaker作为拯救了『LINK VRAINS』的英雄而成为了一大话题。

游作开始对隐藏于神秘AI程序身上的秘密进行调查，听取了草薙的意见将其取名为【Ai】。通过解析读取Ai的记忆，游作看到了五年前Ai与Revolver的战斗，与此同时，游作感受到了Revolver探知到了Ai的位置，让草薙关闭电源得以不暴露其方位。在车外，游作用肉眼看到了在『LINK VRAINS』中Revolver乘着【装弹枪管龙】在寻找Ai的景象。在游作要分解Ai的程序的威胁下，Ai告诉游作五年前与其战斗的人是『汉诺骑士』的首领——Revolver。

游作意识到Revolver是自己应该打倒的对手，而且自己并不是第一次体验到『高速决斗』。并察觉到Ai的存在、『数据风暴』、『汉诺骑士』这三者存在着某种联系，认为Revolver知道过去事件的真相。

在被假扮成汉诺骑士的Go鬼冢引入『LINK VRAINS』后，得知只有打倒了Go鬼冢才能解除『SOL科技公司』设下的程序离开，Playmaker便只好与Go鬼冢进行『高速决斗』。

在『高速决斗』中，Playmaker从Ai那里了解到从小在孤儿院中长大的Go鬼冢在他小时候的孤儿院里做志愿者并一直给那里捐款后，拒绝了用草薙制作的漏洞登出『LINK VRAINS』，认为“既然已经接受了决斗，就不能中途逃离”，在Ai的质疑下，Playmaker解释了原因——接受了Go鬼冢的决斗风格和信念而想和他决斗到最后一刻。在【刚鬼 巨人食人魔】因连接端没有怪兽而无法发动怪兽效果被因为【蜜蜂机器人】的怪兽效果不被破坏的【解码语者】破坏后，Go鬼冢受到【电子宙湮灭】的效果伤害而败。

在与Go鬼冢的决斗后，草薙希望让Go鬼冢也加入与『汉诺骑士』对抗的队伍中，游作表示不想让Go鬼冢卷入堵上性命的决斗而拒绝了草薙的提议。

在草薙调查出Blue Angel的真实身份是『SOL科技公司』安保部长财前晃的义妹财前葵后，认为如果能和她混熟，或许能从财前晃那里打听到游作失去的记忆和他弟弟的线索。在草薙与Ai一致认为游作不可能与葵接触后，游作决定要接近调查葵。

在Ai找到葵后，游作跟踪葵发现她进入了决斗部的活动室后，碰到了同是决斗部部员的岛直树，岛直树认为游作是想来加入决斗部的，并认为对『LINK VRAINS』不感兴趣的游作是不可能入部的。这时被决斗部部长细田当作想入部的人而被邀请了进去，游作本想拒绝，但是被Ai用假装游作的声音同意了。

进入活动室后，游作知道了葵也是决斗部的部员，发现决斗部的成员都在使用新型决斗盘，岛直树解释说因为葵的义兄财前晃是『SOL科技公司』的大人物，就优先提供给决斗部用了。因为葵发现游作使用的是和Playmaker一样的收纳卡片式的旧决斗盘，提出要查看游作的卡组，游作将伪装用的卡组交给了葵查看。

游作在广场上的大屏幕里看到了Blue Angel在『LINK VRAINS』里向Playmaker宣战后，游作拒绝了决斗，表示他只会和『汉诺骑士』进行决斗。因为没有接受Blue Angel的决斗挑战，Playmaker的行为在网络上引发了舆论，但是游作本人表示并不在意。

在Ai骗游作说有汉诺骑士出现而把他引进『LINK VRAINS』后，Playmaker发现Blue Angel在『LINK VRAINS』里等他，从Blue Angel口中得知了Ai假装自己给葵发了决斗挑战的信息，Ai表示这样做的原因是因为从Blue Angel的卡组中感觉到了『汉诺骑士』的气息，Playmaker便接受了Blue Angel的『高速决斗』挑战。

在Blue Angel逐步削减对方生命值的战术下，Playmaker一直处于不利的下风，在被步步紧逼的情况下，Playmaker察觉到Blue Angel身上『汉诺骑士』的气息在逐渐变强。在Blue Angel抽到【暗黑天使】后，发现其状态变得很不稳定，Ai认为是『汉诺骑士』在卡上动了手脚。

在Blue Angel手卡中只剩下了【暗黑天使】并使用后，受到程序的影响而暴走，在Blue Angel不断暴走后，Ai提醒Playmaker如果让她继续暴走下去就会受到精神伤害，要尽快速战速决。

在Blue Angel意识逐渐变得模糊后，Playmaker用【编码语者】击败了【霍莉安琪儿】。

在与其决斗后，Ai吃掉了Blue Angel身上『汉诺骑士』的程序，Playmaker为了防止被『SOL科技公司』的无人机发现，登出了『LINK VRAINS』。回到现实后，游作在学校的天台上发现了昏迷的葵，把她送到了医院并通知了晃。

在医院里，晃感谢了游作并询问了他的名字，游作告诉了晃他的名字。

草薙入侵了医院的数据调查葵的诊断记录，说葵因不明原因而昏迷，似乎不是身体上的问题。Ai认为原因是能入侵大脑对其进行控制的电脑病毒，通过『LINK VRAINS』的系统感染了决斗者，而且要删除病毒需要『汉诺骑士』的删除程序，不可能会轻易入手。

在这时，本应昏迷的Blue Angel再次出现，并要求与其再战，草薙认为这是个陷阱想阻止游作去，游作认为自己有责任对这件事负责不顾草薙和Ai劝阻进入『LINK VRAINS』。

在『LINK VRAINS』中，Playmaker一眼看出这个Blue Angel是假冒的，假Blue Angel用特制的陷阱捉住了Playmaker，并将除了『SOL科技公司』的紧急摄像头外的所有的接收线路切断。假Blue Angel揭示了自己的身份——Ghostgirl，并告诉Playmaker这个陷阱除了她的雇主谁也解不了，而Ghostgirl的雇主正是『SOL科技公司』安保部长财前晃，Playmaker向晃解释Blue Angel的昏迷并不是他的原因，但是晃根本听不进去他的解释。在晃折磨Playmaker逼他交代时，Revolver出现，要求晃放开Playmaker，并展示了自己能操控『数据风暴』的能力，表示只要他想破坏『LINK VRAINS』是很容易的。Revolver表示他是为了得到Ai而利用Blue Angel下了电脑病毒当作人质，要求Playmaker与他决斗，赢了他就会交出删除程序，而如果晃先回收了Ai则Blue Angel永远也醒不过来。

在晃放开Playmaker后，Playmaker决定与Revolver决斗。晃叫住了前去的Playmaker，询问他为什么会为理应憎恨的自己而战，Playmaker表示并没有恨晃，他憎恨的只有『汉诺骑士』。

在决斗中，Playmaker从Revolver那里得知Ai的真名是【伊格尼斯】，还得知了Revolver做的一切都是为了抹杀Ai和电子宙，在Revolver将生命值削减到1000以下后，Playmaker得知了Revolver的技能竟然也是『风暴连线』。

在勉强挡住了【拓扑逻辑轰炸龙】的怪兽效果后，Ai认为只有使用『风暴连线』在更大的『数据风暴』中拿到比Revolver的怪兽更强的怪兽才赢过Revolver。便解放『电子宙数据素材』产生了巨大的『数据风暴』，Playmaker从『数据风暴』中获得了【防火龙】。

因【电容跟踪杀人蝎】的怪兽效果，两人的生命值同时归零，两人的『高速决斗』以平局结束。在Playmaker被卷入『数据风暴』中心后，Revolver决定用『大师决斗（Master Duel）』来定胜负。

因为Revolver的场地魔法【天火的牢狱】的针对电子界族的效果，Playmaker场上的怪兽效果被无效，不能攻击和被攻击，与此同时，Playmaker发现Ai的意识也逐渐消失了。

Playmaker从Revolver的口中得知，Ai是有意识的AI，并创造出了电子宙，开始一步步支配网络。在Playmaker收到装弹枪管龙的攻击冲击后，Playmaker回想起了记忆中的那个人对他说的话。发现自己从十年前的『LOST事件』那时开始便拥有感知网络的能力——『链接感知（Link Sense）』。

在Playmaker连接召唤出【防火龙】后，场地魔法【天火的牢狱】被破坏，Ai回到了Playmaker身边。

在最后一个回合，Playmaker说出了自己要在这场决斗中取胜的三个理由，发誓要报过去事件的仇，击溃『汉诺骑士』了解一切真相。最后Revolver受到【防火龙】的攻击而战败。

被Ai吞食了数据的Revolver通过鸿上博士的程序而离开，并遵守约定给了Playmaker删除程序，表示这场决斗只是个开始。Playmaker使用了删除程序，Blue Angel从『LINK VRAINS』中登出并苏醒了过来，之后便一言不发的登出了『LINK VRAINS』。

在回到现实后，游作思考Revolver说过的“意志才是生命”，推断出Ai是活着的。与此同时，Ai解析完了自己从Revolver那吞食的程序，恢复到了其原本的姿态。

在结束与Revolver的激斗后，游作和草薙一起分析关于Ai的情报。游作对AI如果拥有了思想会变成怎样这一问题表示很在意。

游作收到了草薙叫他紧急集合的消息。草薙表示在黑客论坛上看到了Ghostgirl发给他的消息，要求Playmaker与她进行赌上Ai的决斗，如果Playmaker胜利就能得到入侵『SOL科技公司』数据库的漏洞。为了得到十年前事件的线索，Playmaker便接受了Ghostgirl的挑战。

在决斗中，『LINK VRAINS』里刮起了猛烈的『数据风暴』，Playmaker和Ghostgirl一起进入了『数据风暴』中。在Playmaker发动技能时，Ghostgirl因为『数据风暴』过于猛烈而无法控制从D滑板上摔了下来，Playmaker救下了Ghostgirl。

Playmaker发动从『数据风暴』中获得的【源码语者】的效果，封锁了Ghostgirl的两格主怪兽区。同时解放了【扫描人偶】发动怪兽可以攻击两次的效果，击败了Ghostgirl。

结束后，Ghostgirl向Playmaker表达了自己的心意，并按照约定把入侵『SOL科技公司』数据库的漏洞交给了他。

在学校里，游作了解到葵已经缺席了很长一段时间，而且也没在『LINK VRAINS』中出现了。游作表示对她不能再决斗而感到可惜。

放学后，草薙与游作进行攻略『SOL科技公司』主电脑的行动。草薙认为主电脑的中心部分有十年前事件的线索，游作便变身前往主电脑的中心部分。

在Playmaker即将突破A区域时，主电脑里出现了『数据风暴』，而且Playmaker被安保陷阱发现了。与此同时，Playmaker遇到了现任安保部部长北村制作的AI决斗程序——原型机A、B，Playmaker决定与原型机A进行决斗。

在Playmaker被原型机A步步紧逼时，原型机B则瞄准Playmaker的决斗盘想要抢过去。紧急关头，Blue Angel出现，救下了Playmaker，并向AI决斗程序提出挑战。

在两人打败了AI决斗程序后，Playmaker到达了深处的数据库，却发现提前到达的晃在等待着他。

Playmaker得知晃已经知道了十年前的事件，要求晃将数据交给他，但是被晃拒绝。晃让Playmaker就此放弃将Ai交给他，会将事件公布独自追查真相。Playmaker拒绝了把这件事托付给晃的要求，表示只有用决斗让他屈服并答应晃的要求。于是Playmaker与晃展开了『大师决斗』。

在决斗中，晃讲述了自己与葵的艰苦过去，希望Playmaker相信他，把这件事全部交给他去办。对此言行，Playmaker与草薙都十分气愤，表示晃根本不了解自己。

在现身的Blue Angel的请求下，晃讲述起了十年前的事件，但被Playmaker要求由他自己来讲述，并且表示自己根本没有被拯救，为了三个理由（找回自己被斩断的过去、为了拯救陷入黑暗中的草薙翔一的弟弟、再次与给予自己勇气的人相会）自己有权知道真相。而且对自己来说十年前的事件根本什么都没有结束，自己并没有晃说的和朋友畅谈的未来和无可替代的时光。

在从晃那里得知『SOL科技公司』数据库中记录了十年前事件的主谋后，Playmaker相当的震怒。

Playmaker要求晃说出主谋，然而被晃拒绝了，晃说知道后只会让Playmaker的复仇之火更加剧烈。Playmaker告诉晃，这是为了贯彻正义的决斗，而他只坚信自己的正义。

在战胜了晃以后，Playmaker让Ai获取了十年前事件的的数据。而且让晃不要再插手这件事，不要和他再扯上关系。回到现实后，草薙和游作解析了数据，发现制定『汉诺计划』并实行的是叫做鸿上博士的人，真名鸿上圣。同时也是『SOL科技公司』的研究员，而事件是他擅自引起被『SOL科技公司』察觉而掩盖了。之后两人看到了更震惊的事——鸿上博士已经在7年前死亡。