系統發生樹
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利用16S 核糖體RNA繪製的系統演化樹，三個最大分支（域）分別爲細菌域、古菌域和真核生物域。
自動生成的生命樹，基於完全測序的基因組。
[1] [2] 系統發生樹 （英语：phylogenetic tree ）又稱演化樹 或进化树 （evolutionary tree cladogram ）。在图中，每個節點代表其各分支的最近共同祖先，而節點间的綫段長度對應演化距離（如估計的演化時間）。
目录 1 樹的種類 2 樹的算法 2.1 矩陣法 2.2 簡約法 2.3 最大似然法 2.4 后驗概率法 3 相關軟件 3.1 Phylip 3.2 ARB 3.3 MrBayes 3.4 BAMBE 3.5 軟件 4 参考文献 5 外部連結 6 參見 樹的種類 根 樹可分爲有根樹和無根樹兩類。有根樹是具有方向的樹，包含唯一的節點，將其作爲樹中所有物種的最近共同祖先。右圖即是一個有根樹，表示了三域系統(Woese 1998)。最常用的確定樹根的方法是使用一個或多個無可爭議的同源物種作爲外群（英文outgroup），這個外群要足夠近，以提供足夠的信息，但又不能太近以至于和樹中的種類相混。
把有根樹去掉根即成爲無根樹。一棵無根樹在沒有其他信息（外群）或假設（如假設最大枝長爲根）時不能確定其樹根。無根樹是沒有方向的，其中線段的兩個演化方向都有可能。
樹的算法 矩陣法 近鄰結合法 neighbor-joining (NJ)
簡約法 最大簡約法 maximum parsimony (MP)
最大似然法 最大似然估计 maximum likelihood (ML)
后驗概率法 貝葉斯法 Bayesian
相關軟件 Phylip 官方網站：http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html （英文）
ARB 官方網站：http://www.arb-home.de/ （英文）
MrBayes 官方網站：http://mrbayes.csit.fsu.edu/index.php （英文）
BAMBE http://www.mathcs.duq.edu/larget/bambe.html (英文)
軟件 軟件列表
PAUP* TreeView Phylowin fastDNAml SEMPHY PALM 参考文献 ^ Letunic, I; Bork, P. Interactive Tree Of Life (iTOL): an online tool for phylogenetic tree display and annotation.. Bioinformatics (Pubmed) . 2007, 23 (1): 127–8. PMID 17050570 . doi:10.1093/bioinformatics/btl529 . ^ Ciccarelli, FD; Doerks, T; Von Mering, C; Creevey, CJ; Snel, B; Bork, P. Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life. Science (Pubmed) . 2006, 311 (5765): 1283–7. Bibcode:2006Sci...311.1283C . PMID 16513982 . doi:10.1126/science.1123061 . 外部連結 生命的系統發生樹
The Death of the Tree of Life is Greatly Exaggerated 生物软件网 进化树分析软件 生物谷 进化树分析软件 进化树软件使用综述 演化樹輭件介紹（英文） 參見 David Hillis Hillis Plot (image)
分類學
相关领域 基本概念 Phylogenesis 演化網路 長枝吸引效應 Evolutionary grade Lineage (evolution) Ghost population 推理方法 Maximum parsimony 最大簡約法 Probabilistic methods Distance matrices in phylogeny 近鄰結合法 UPGMA Least squares inference in phylogeny Three-taxon analysis 当前的课题 PhyloCode DNA条形码 分子系统发生学 Phylogenetic comparative methods Phylogenetic niche conservatism List of phylogenetics software Phylogenomics 系統地理學 DNA phylogeny Group traits Primitive (phylogenetics) Plesiomorphy Symplesiomorphy Derived 群組種類 名稱 Phylogenetic nomenclature Crown group 旁系群 基群 Supertree 进化生物学的课题列表
Ph 4Mdqp,Prp kk4ti4N5K8JvLVvX,uhq,l,cilZ,kDl1m1Pj,NGRtj,tW9OYPnvA XGopBbUKPXBmlmx
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